La historia de Colegiales está ligada a la de los barrios de Chacarita y Villa Ortúzar ya que los tres formaban parte de los terrenos de los jesuitas. En efecto, en 1608 el gobernador de Buenos Aires, Hernando Arias de Saavedra, más conocido como Hernandarias, otorgó a esa orden religiosa terrenos en parte de lo que hoy son esos dos barrios. Desde 1614 hasta 1746 se hicieron dueños de más tierras hasta completar unas 2.700 hectáreas conocidas como La Chacarita de los Padres de la Compañía de Jesús («Chácara» es un vocablo antiguo, de origen quechua o aimara, que se utilizaba con el significado de «huerta», y que con el tiempo se modificó por «chacra»). Los antiguos caminos que facilitaban la comunicación a los religiosos se transformaron con el tiempo en el actual trazado de las principales avenidas, tal es el caso de Álvarez Thomas, Federico Lacroze, y Dorrego.
Como ese predio tenía instalaciones en donde pasaban sus vacaciones los alumnos delColegio Nacional de Buenos Aires (que en sus inicios dependía de los jesuitas), la zona era denominada popularmente, desde el siglo XVII, como La Chacarita de los Colegiales. El escritor Miguel Cané en su obra maestra Juvenilia (1884), cuenta todas sus experiencias vividas en ese colegio y en un capítulo menciona una anécdota ocurrida mientras estaba de vacaciones estudiantiles en dicho lugar, sobre un arroyo que circulaba por la actual avenida Elcano.
En 1880 se declaró a Buenos Aires como capital de la República Argentina, pero la ciudad en aquel entonces no se extendía hasta los terrenos mencionados, ya que estos estaban bajo la jurisdicción del pueblo de Belgrano, de manera que recién en 1887, cuando dicho pueblo se anexa a la capital, estos terrenos quedaron también dentro de la ciudad.
En 1920 la Sociedad Minetti y Cia. Ltda., Industrial y Comercial inició la construcción del molino "Buenos Aires" en la calle Dorrego al 1900. En 1928 se amplió con nuevos silos. Con el tiempo sus instalaciones fueron desactivadas y en sus espacios se construyeron elegantes y modernos "lofts".
De acuerdo a la reciente Ley de Comunas de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Colegiales ha pasado a integrar la Comuna 13, junto a los barrios de Belgrano y Núñez.
[editar]21 de septiembre, día del barrio de Colegiales
Antiguamente a la zona del barrio se la llamaba “Chacrita de los Colegiales”, por ser la chacra o quinta en la que alumnos del Colegio Nacional Buenos Aires pasaban sus vacaciones veraniegas y dado que el 21 de septiembre de cada año se celebra el día de los estudiantes en la Argentina, se instituyó dicha fecha como el "Día del Barrio de Colegiales" (ley 1060, sancionada el 18/09/2003, de la legislatura de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires).2
Además, como Miguel Cané alude a aquellas vacaciones escolares en su libro “Juvenilia”, pues él mismo tomó parte de las mismas, y dado que 1863 fue el año en que él ingresó al Nacional Buenos Aires, la ley declara simbólicamente al 21 de septiembre de 1863 como el día del nacimiento del barrio.
